Отборът на Амвракия Костакион е основан през 1961 г. в село Костакион, носещо на времето името Амвракия, което се намира на 120 км. южно от град Арта в най- западната част на Гърция, на границата с Албания. Отборът играе домакинските си мачове на стадион "Амвракия" с капацитет от 1000 седящи места. Най- големия си успех тимът постига през сезон 1989/90, когато печели първото си и единствено досега участие във втора гръцка дивизия. Сезон по късно клубът се завръща в трета дивизия. През сезон 2007/08 отборът завършва на последно място във втора дивизия и изпада в трета. През лятото на 2012 г., поради финансови проблеми клубът се разпуска, но през лятото на 2015 г. е възстановен.