Отборът на "Мунисипал Покоси" е основан през 1948 г. в град Гуапилес, Коста Рика. През 60-те години на XX век отборът за кратко участва в костариканската втора дивизия. През втората половина на XX и началото на XXI век отборът играе главно в костариканските трета и четвърта дивизии. През 2011 г. отборът печели промоция за втора дивизия, където се състезава и до днес.