Клубът е основан в началото на 20-те години под името "Спарта Петегем". Първоначално отборът участва в местни първенства, но през 1926 г. се присъединява към белгийската футболна федерация. През следващите години "Спарта Петегем" играе в долните дивизии на белгийския футбол. През 1941 г. отборът печели първото си отличие, като триумфира в "Купата на Фландрия". През 1946 г. "Спарта Петегем" достига до финала на турнира за Купата на Белгия, но губи от "Андерлехт" с резултат 2:1.

През 50-те и 60-те години на ХХ век "Спарта Петегем" продължава да играе в долните дивизии на белгийския футбол, но през 1970 г. печели промоция за Втора дивизия. Отборът прекарва няколко сезона във Втора дивизия, но през 1978 г. изпада в Трета дивизия. През следващите години "Спарта Петегем" играе в Трета и Четвърта дивизия. През 1995 г. отборът се завръща във Втора дивизия, но отново изпада в Трета дивизия през 1999 г. През 2005 г. "Спарта Петегем" печели промоция за Втора дивизия, но изпада обратно в Трета дивизия през 2007 г. През 2010 г. отборът се завръща във Втора дивизия, където играе и в момента.

През 2018 г. "Спарта Петегем" печели за втори път "Купата на Фландрия". През 2020 г. отборът достига до финала на турнира за Купата на Белгия, но губи от "Антверп" с резултат 1:0.

Цветовете на "Спарта Петегем" са жълто и синьо. Отборът играе своите домакински мачове на стадион "Де Позе" в Петегем-ан-дер-Лейе.